最高人民法院再审期间，组织双方当事人到设备安装现场进行查看，烟台冶金所提出预氧化炉存在的问题是：设备密封达不到设计标准，炉内底板断裂，氧化炉滚动网带跑偏。碳化炉存在的问题是：差压变速器的型号不符合设计标准等。吉林设备厂对上述事实在本院质证时予以否认，认为不排除设备被人为破坏，并提出对设备进行鉴定的要求。
3. 一审、二审判决
吉林市中级人民法院审理认为，吉林设备厂与烟台冶金所签订的加工承揽合同和1991 年7 月10 日调试付款协议有效，烟台冶金所未按约付款属违约行为。判决：烟台冶金所给付吉林设备厂加工设备款525835.56元；逾期付款滞纳金249246.05 元，案件受理费12760.82 元由烟台冶金所承担。
烟台冶金所不服一审判决，向吉林省高级人民法院提出上诉，吉林省高级人民法院经二审审理认为原审认定事实清楚，适用法律妥当，判决：驳回上诉，维持原判。二审案件受理费12760.82 元由烟台冶金所承担。
4. 再审判决
烟台冶金所不服吉林省高级人民法院终审判决，向最高人民法院申请再审，最高人民法院转由吉林省高级人民法院审查。吉林省高级人民法院对本案进行了再审，再审认为，原一、二审认定事实没有错误。因双方合作良好，故设备调试后没有办理验收手续。原审没有认定《关于烟台冶金新材料研究所委托吉林冶金机电设备制造厂加工制造预氧化炉和碳化炉合同的补充协议》，是因为该协议在盖章过程中，吉林设备厂进行了单方修改，不是双方当事人的真实意思表示，因此无效，但在调整设备价格上无争议，应予尊重这一客观事实。对逾期交货未予认定不妥，依照《民事诉讼法》第一百五十三条第一款第二项的规定，该院判决：一、维持（1997）吉经终字第102 号民事判决；二、吉林设备厂给付烟台冶金所逾期付货违约金28785 元。