在这种反科学的思想指导下，燕京地区的农业经济大受破坏，直到契丹人耶律楚材向蒙古贵族进言，改劫掠为课税是更有效的致富之法，这一形势才得以缓解。当少数民族还处于奴隶制度时，以骑兵征服四方，可以在草原上建都，便于统治与调兵，可当进入中原，接受汉制，将都城南迁便迫在眉睫。因此，忽必烈采纳刘秉忠的规划，命他在燕京东郊营建新城，1271年改国号为“大元”，并于次年迁都燕京，称大都（今北京）。
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历经金、元，北京的首都之位仍非不可动摇，明太祖朱元璋就曾在定都一事上纠结。明朝初年，虽定都应天（今南京），但朱元璋仍不时有北迁的想法，曾考虑的地点包括长安、洛阳和北平（元大都）。
长安，有“崤函、终南之阻，渭、灞、浐之雄，百二山河之胜”。但是，这里若无南方的粮食运输，饭都吃不饱，皇帝也要喝西北风。更何况，明朝时中国早已生齿日繁，粮食需求量更庞大。
再看洛阳，“东压江淮，西挟关陇，北依邙山，南望阙，曾为九朝之都”，这份“简历”也很漂亮，让人眼前一亮。太子朱标就十分中意，到此地巡视之后，有意迁都于此。可惜朱标早逝，洛阳失去了最有力的支持者，没能在明代再次成为首都。
