嘉靖二十七年（1548），升都察院都御史，总理黄河治理工程。实地勘察，度地兴工，疏凿河道，加固堤防，使水势减缓，漕运畅通。后转任大理寺卿及南京户部侍郎，又转户部左侍郎。二十九年，鞑靼骚扰，掠通州及京郊各县，世宗命仇鸾率兵北征，他负责筹集军饷，事平之后，仇鸾分战功给他，他坚持不受。三十一年，接任户部尚书，掌管全国赋税钱粮达七年之久。当时，北有鞑靼、瓦剌不断骚扰，东南沿海有倭寇和海盗侵扰，而世宗却迷信于打醮祈祷，费用浩繁。方钝秉公直谏，先后上疏达数十万言。对奸相严嵩父子的横行霸道和危言恐吓，上朝议事时，也敢当面驳斥，同朝的高官吓得面如土色。后因边战失利，朝廷追查责任，严嵩深恐自己受贿赂之事败露，暗地奏请皇上改任方钝为南京户部尚书，置于闲散无权之地。嘉靖三十八年告老还乡。明穆宗继位，下诏官复原职，进阶一级。神宗继位，亦下诏慰劳。
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