1946年7月陶行知因遭受当局迫害，患脑溢血不幸逝世。陈鹤琴为失去挚友而悲痛万分。他不顾严重的白色恐怖，挺身而出担任追悼会的执行主席，并护送灵柩至南京安葬。为把育才学校办下去，继续陶行知的未尽事业，他担任了育才学校顾问委员会主席。他还担任地下党领导的“上海市小学教师联合进修会”和“上海市校教师福利促进会”的顾问。由于他积极参加爱国民主运动，曾经两次遭国民党反动当局的逮捕，经五位大学校长和友人联名作保始获释。多次遭遇的不幸经历和挫折，使他进一步认清了国民党当局的反动和腐朽，寄希望于中国共产党。在狱中曾立下心愿：如遭不幸请组织上追认为共产党员。
1947年2月，陈鹤琴创立上海儿童福利促进会，解决难童教养问题，任理事长。3月，又筹创上海特殊儿童辅导院(现上海聋哑青年技术学校前身),兼任院长。他计划把辅导院办成盲童、聋哑儿童、伤残儿童、低能儿童、问题儿童五种特殊儿童综合教育机构，但未获国民党社会部批准，只办了聋哑儿童班。一年后又办了农村儿童班和伤残儿童班。
