然而伊犁之地，还是未能动摇。清朝乃出兵，先平定西藏和青海。先是达赖五世死后，桑结秘不发丧，而嗾使噶尔丹内犯。噶尔丹败后，尽得其状。圣祖下诏切责。会桑结为固始汗曾孙拉藏汗所杀，奏立新六世达赖。圣祖乃封拉藏为翼法恭顺汗，以为藏事可从此平定了。而青海、蒙古，都说拉藏汗所立达赖是假的。别于里塘迎立一达赖。诏使暂居西宁。正在相持之间，而策妄阿布坦又派兵入藏，把拉藏汗袭杀。于是藏事又告紧急。好在西藏人都承认了青海所立的达赖。圣祖乃派皇子允禵（tí）和年羹尧，从西宁、四川两道入藏，把准噶尔的兵击退，而送青海所立的达赖入藏。一七二二年，圣祖死，子世宗立，固始汗之孙罗卜藏丹津，煽动青海诸喇嘛叛变，亦给岳钟琪袭破。于是青海、西藏都平，梗命的只有一个准噶尔了。
一七二七年，策妄阿布坦死，子噶尔丹策凌继立。清朝想一举而覆其根本。还没有出兵，而噶尔丹策凌先已入犯。清兵出战不利。策凌就进犯喀尔喀。为额驸策凌所败。[5]清高宗乃定以阿尔泰山为准、蒙游牧之界。这是一七三七年的事。到一七四五年，噶尔丹策凌死，准噶尔又生内乱。高宗乃因辉特部长阿睦尔撒纳的降，[6]用为乡导，发兵把准部荡平。而既平之后，阿睦尔撒纳又叛。亦于一七五七年，给兆惠等打定。
